Cuando en 1884 se construyó en la fueguina Isla de los Estados el faro de San Juan de Salvamento (apodado el Faro del Fin del Mundo), en la misma bahía se levantó una cárcel militar.

Trasladada luego a Puerto Cook, dentro de la misma isla, en marzo de 1899 se juzgó conveniente reubicar el presidio en la Isla Grande de Tierra del Fuego, para prevenir las enfermedades causadas por la extrema humedad y frío de la isla. Además, la falta de infraestructura para el trabajo de los prisioneros hacía improductiva su prisión; la mejor dotada Isla Grande permitiría destinarlos a cumplir tareas de forestación y minería.

El 30 de noviembre de 1902 36 de los prisioneros fueron llevados a la Isla Grande, con la mayor parte de las instalaciones, para preparar el edificio definitivo del penal. Los acompañaba el jefe del presidio, y quince soldados destinados a su custodia. Una semana más tarde, los 83 presos que permanecían en Cook se amotinaron, y 51 de ellos escaparon en los pequeños navíos disponibles en la isla.

El motín de Puerto Cook acabaría en desastre para los huidos: siete de ellos murieron, y 39 fueron apresados por Enrique Fliess, el teniente de fragata encargado de la base militar, o por Horacio Balivé, que capitaneaba el ARA Azopardo, un buque de la Armada que llevaba material para el nuevo faro en construcción en la Isla de Año Nuevo. Capturados y juzgados nuevamente, fueron finalmente trasladados a Ushuaia.